La preservación es el principal efecto de la aplicación de bajas temperaturas sobre materia orgánica. Contradictoriamente, el efecto de las bajas temperaturas sobre organismos aún vivos es el de la destrucción.
Debido a la cristalización de hielo dentro de las células, las áreas afectadas quedan totalmente destruidas.
Así pues la congelación de embriones implica un serio riesgo para su integridad y su supervivencia. Aún así, la inmensa mayoría de los especialistas implicados en la biología de la reproducción consideran que son más las ventajas (reducción del número de ciclos de estimulación y por tanto de los costes, control de hiperestimulaciones ováricas) que los inconvenientes (no supervivencia).
Hoy en día, frente a la consolidada técnica de congelación de embriones tanto en los estadios de zigoto pronuclear (Día+1) como de células (6-8 blastómeros, Día+3), existe la opción de criopreservación en el estadio de blastocisto (Día+5, +6 o +7).
Mediante la incorporación de crioprotectores, se aumentan en gran medida las posibilidades de supervivencia. Por otro lado la velocidad de enfriamiento es apropiadamente lenta facilitando el equilibrio osmótico. Por el contrario, la descongelación se realiza a una velocidad mucho mas alta.
Al descongelar los embriones se produce un endurecimiento de la zona pelúcida así como la destrucción parcial de la misma. Para ayudar la implantación se realiza la técnica de eclosión asistida (assisted hatching) que contrarresta el efecto de endurecimiento.